Het Zwin ist um den Beginn unserer Zeitrechnung entstanden. Durch einen Anstieg des Meeresspiegels brach die See an mehreren Stellen durch die Dünenkette an der Nordseeküste. Durch diese Durchbrüche wurden im Hinterland tiefe Rinnen ausgewaschen. Die damals entstandene Wasserrinne „Zwingeul“ breitete sich im 12. Jahrhundert noch weiter aus, als es erneut zu großen Überschwemmungen kam. Landeinwärts entstand ein weitverzweigtes Netz aus Wasserrinnen, mit dem Ergebnis, dass Städte wie Damme und Brügge für die Schifffahrt erreichbar wurden. Schon bald begannen die Rinnen jedoch wieder zu versanden. Trotz verschiedener Gegenmaßnahmen ging die Befahrbarkeit des Zwin rasch zurück. Die Versandung brachte jedoch auch einen beträchtlichen Vorteil mit sich: Immer größere Teile des Zwin konnten eingepoldert werden. Da sich die Dünen bei Knokke in östlicher Richtung ausbreiteten, wurden sogar im Mündungsgebiet Eindeichungen möglich.

Das Naturschutzgebiet Het Zwin liegt zu 80 Prozent auf belgischem Boden, weshalb die Verwaltung des Gebietes in enger Abstimmung zwischen den niederländischen und den belgischen Behörden stattfindet. Auf einem schmalen Streifen aus Salzwiesen, der sich am Seedeich entlangzieht, weiden in den Sommermonaten Schafe.

Im Mündungsgebiet sind noch etwa 200 Hektar Salzwiesen erhalten geblieben. Diese werden zum Meer hin durch eine Dünenreihe und an der Landseite durch den 1872 angelegten Internationalen Deich begrenzt. Die Zwinrinne dringt durch eine Öffnung in der Dünenreihe in das Gebiet vor. Direkt hinter der Mündung befinden sich sandige Strandflächen, die weiter landeinwärts in schlickreiches Marschland übergehen. Das Mündungsgebiet ist als Brutgebiet für Vögel von großer Bedeutung, hier brüten unter anderem Rotschenkel, Säbelschnäbler und Austernfischer. Vom Seedeich aus kann man fast täglich Seidenreiher beobachten, die in Gezeitenpfützen auf Nahrungssuche gehen. Auf den Salzwiesen wächst sehr viel Strandflieder, der in Belgien „Zwinblomme“ genannt wird. Auch Dünen-Quecken und Portulak-Keilmelden sind hier in großer Zahl vertreten. An der Flutmarkierung wächst die seltene Meer-Rübe und am Deich sprießt Gelber Hornmohn.

Das Gebiet ist vom Wanderweg auf dem Deich gut zu überblicken, im niederländischen Teil sind die Strände, die Mündung der Zwinrinne und die Strandflächen frei zugänglich Die Salzwiesen dürfen nicht auf eigene Faust betreten werden, aber im Sommerhalbjahr führen regelmäßig Exkursionen hierher: Im Juli und August startet jeden Donnerstagmorgen um 10.00 Uhr eine Exkursion am Strandpavillon De Zeemeeuw.