De kerken in Schoondijke zijn in de Tweede Wereldoorlog totaal verwoest. In 1950 werd het huidige kerkgebouw in gebruik genomen. Van de huidige kerk is in 2005 de inrichting en indeling vernieuwd. Per januari 2006 is de kerk in gebruik genomen als Protestantse Gemeente Schoondijke. Op 1 juni 2011 werden 24 zonnepanelen geplaatst op het dak van de Protestantse Kerk in Schoondijke.